Caracterización molecular del virus de la Hepatitis C en pacientes remitidos al Laboratorio Regional de Salud Pública del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela / Molecular characterization of hepatitis C virus in patients referred to a reference laboratory of public health, University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela

La Organización Mundial de la Salud estima que aproximadamente 170 millones de personas están crónicamente infectadas por el virus de la hepatitis C (VHC). En este estudio se evaluó la presencia de anticuerpos contra el VHC en pacientes remitidos durante enero de 2010 a febrero de 2013, al Laboratorio Regional de Salud Pública del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠen Cumaná, Venezuela. La presencia de anticuerpos se hizo mediante dos ensayos de ELISA y se determinaron los genotipos circulantes a través de análisis filogenéticos de fragmentos de genoma viral amplificados por la región 5’ no codificante (5’NC) y región no estructural 5b (NS5b) usando la transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa en dos rondas (RT-PCR). Se encontró una prevalencia de anticuerpos contra el VHC del 0,57 % (17/3005), siendo el grupo etario mayor de 41 años el más afectado (0,9 %). Un total de 16 muestras resultaron positivas para la presencia del ARN viral por RT-PCR en la región 5´NC (16/17, 94 %). El análisis filogenético de la región 5´NC permitió identificar la circulación del genotipo 2 y 1 y de un genotipo 3 y uno 4. Mediante análisis filogenéticos de la región NS5b, se observó la presencia de diversos subtipos dentro del genotipo 2 (2a, 2j y 2s), lo que concuerda con estudios anteriores que muestran que este genotipo es relativamente diverso en nuestro país.

The World Health Organization estimates that approximately 170 million people are chronically infected with hepatitis C virus (HCV). This study evaluated the presence of antibodies against HCV by two immunoassays. HCV genotypes were analyzed by phylogenetic analysis of viral genome fragments amplified from the 5 ‘non-coding (5’NC) region and non-structural region 5b (NS5b), using reverse transcription and nested polymerase chain reaction (RT-PCR), in patients referred from January 2010 to February 2013 to the Reference Laboratory of Public Health, University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”. The prevalence of anti-HCV antibodies was 0.57% (17/3005), being the group of patients older than 41 years the most affected (0.9%). A total of 16 samples were found positive for HCV RNA by RT-PCR in the 5’NC region (16/17, 94%). Phylogenetic analysis of the 5´NC region allowed to identify the circulation of genotypes 2 and 1, and one genotype 3 and one 4. By phylogenetic analysis of the NS5b region, diverse subtypes of HCV genotype 2 were identified (2a, 2j and 2s). This finding is in accordance with previous studies that indicate that this genotype is relatively diverse in our country.

Infección por el virus de la hepatitis C (HCV) en pacientes hemodializados seronegativos para anticuerpos anti-HCV / Hepatitis C virus (HCV) infection in hemodialysed patients seronegative for anti-HCV antibodies

La infección por el virus de la hepatitis C (HCV) es común en pacientes hemodializados. Se evaluaron 43 sueros de pacientes de la Unidad de Diálisis “Dr. José Maza Carvajal” del Servicio Autónomo del Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalᔠ(SAHUAPA), en Cumaná, estado Sucre. Se determinaron anticuerpos IgG séricos contra el HCV (anti-HCV) utilizando tres técnicas inmunoenzimáticas. Para amplificar la región 5’ no codificante (5’NC) se usó la técnica de transcripción reversa de la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), en muestras positivas y negativas para anti-HCV. La presencia de anticuerpos y RNA del HCV fue de 9,3% y la presencia de RNA del HCV en pacientes con anti-HCV negativos fue de 42%, lo cual representó una frecuencia de infección activa de 51%. Análisis filogenéticos de la región 5’NC evidenciaron que el genotipo 2 fue el más prevalente, en particular el subtipo 2b, seguido por el genotipo 1, mientras que en siete muestras no se logró identificar el subtipo. La presencia de un alto número de pacientes seronegativos e infectados con el HCV puede deberse al estado de inmunocompromiso de estos pacientes; de allí la importancia de la determinación de la viremia.

Hepatitis C virus infection is common in hemodialysed patients. Sera from 43 patients from the Dialysis Unit “Dr. José Maza Carvajal” of the University Hospital “Antonio Patricio de Alcalá”, in Cumana, Sucre state, were evaluated. Antibodies against HCV (anti-HCV) were determined using three immunosorbent assays. The 5 ‘non-coding (5’NC) HCV region was amplified by RT-PCR in all samples. The presence of antibodies and HCV RNA was 9.3% and of HCV RNA in seronegative sera 42%, which represents a frequency of infection of 51%. Phylogenetic analysis of the 5’NC region showed that genotype 2 was the most frequently found, particularly due to subtype 2b, followed by genotype 1, while seven subtypes could not be determined. The presence of a high number of seronegative HCV-infected hemodialysed patients might be due to the immunocompromised condition of these patients; hence the importance of determining the viremia.

Detección de norovirus y rotavirus en ostras comercializadas en Cumaná, Venezuela / Norovirus and rotavirus detection in oysters commercialized in Cumana, Venezuela

Los brotes de gastroenteritis en humanos han sido frecuentemente asociados con el consumo de moluscos bivalvos. En este estudio se analizaron 15 mezclas de muestras de tejido digestivo de ostras (Pinctada imbricata) comercializadas en la avenida Perimetral de Cumaná, estado Sucre, Venezuela, mediante dos métodos de procesamiento y dos métodos de extracción de ácidos nucleicos, con el fin de detectar por Transcripción Reversa de la Reacción en Cadena de la Polimerasa, el ARN de norovirus y rotavirus. Además se utilizaron cinco pares de oligonucleótidos para seleccionar el mejor en la detección de los virus. Norovirus fue detectado en 13 de las 15 mezclas de muestras con la combinación de los métodos de procesamiento A y de extracción de ácidos nucleicos B utilizando el par de oligonucleótidos JV12 y JV13. Esta combinación de métodos resultó ser la más eficaz para la detección de norovirus mediante RT-PCR. No obstante, rotavirus no se detectó en el tejido digestivo de las ostras analizadas con ninguna de las combinaciones de métodos, ni con ninguno de los pares de oligonucleótidos utilizados. La elevada presencia de norovirus en las ostras mostró su potencial de servir como vehículo de infecciones por virus entéricos.

Gastroenteritis outbreaks in humans have been often associated with the ingestion of bivalve mollusks. In this study, 15 mixtures of samples of the digestive tissue of oysters (Pinctada imbricate), commercialized at the Avenida Perimetral in Cumana, Sucre State, Venezuela, were analyzed through two processing methods and two nucleic acid extraction methods, with the purpose of detecting norivirus and rotavirus RNA by the Polymerase Chain Reverse Transcription Method. Five pairs of oligonucleotids were also used, to select the best one for virus detection. Norovirus was detected in 13 of the 15 mixtures of samples using a combination of processing method A and nucleic extraction method B, and the JV12 and JV13 oligonucleotid pair. This combination of methods resulted as the most efficient for norovirus detection through PCR-RT. Nevertheless, rotavirus was not detected in the digestive tissue of any of the oysters analyzed with any of the combination of methods, or any of the oligonucleotid pairs used. The high presence of norovirus in the oysters showed their potential for serving as carriers of enteric virus infections.

Escherichia coli diarreogénica asociada a casos de diarrea aguda en niños de Cumaná, Venezuela / Diarrheagenic Escherichia coli associated with acute diarrhea in children of Cumana, Venezuela

Para establecer la prevalencia de cepas de E. coli diarreogénicas (ECD) asociadas a casos de diarrea aguda infantil en Cumaná, Venezuela; se tomaron muestras de heces de 200 niños con enfermedad diarreica aguda, menores de 5 años, y de 30 niños sanos incluidos como control. El aislamiento e identificación bacteriana se realizó por coprocultivos y pruebas bioquímicas convencionales. Para determinar la presencia de los genes de patogenicidad de cada tipo de ECD se usó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), determinando los genes eae y bfp (ECEP), st y lt (ECET), ipaH y virF (ECEI), Stx1/Stx2 (ECST), aafII (ECEA) y daaE (ECAD). Se realizaron 169 aislamientos de E. coli, de las cuales se determinó por PCR que el 10,65% fueron positivas para ECEP (1,18% “típicas”; 9,47% “atípicas”); ECET (5,91%); ECEA (1,78%); ECEI (0,59%). No se observaron diferencias estadísticas significativas en cuanto a la frecuencia de cada “patotipo” en relación a la edad, pero si en relación con el sexo (p< 0,05). Las características clínicas más relevantes fueron: fiebre, vómito y dolor abdominal y el mayor porcentaje de los niños afectados estuvo en las clases obrera y marginal. Estos resultados muestran que las cepas de ECD, son agentes etiológicos importantes en la enfermedad diarreica aguda infecciosa en la población infantil de Cumaná.

To establish the prevalence of strains of diarrheagenic Escherichia coli (DEC) associated to acute diarrhea in childrem of Cumaná, Venezuela, stool samples were taken from 200 children aged < 5 years with acute diarrheal disease, and from 30 healthy children used as control. Isolation and bacterial identification was performed by conventional biochemical tests and stool cultures. The presence of pathogenic genes of each type of DEC was investigated by the technique of polymerase chain reaction (PCR), determining the genes eae and bfp (EPEC), st and lt (ETEC), ipaH and virF (EIEC) Stx1/Stx2 (STEC), aafII (EAEC) and daaE (ADEC). From 169 E. coli, isolates we determined by PCR 10.65% positive for EPEC (1.18% “typical”, 9.47% “atypical”); ETEC (5.91%); EAEC (1.78 %), EIEC (0.59%). There were no statistically significant differences regarding the frequency of each “pathotype” in relation to age, but it did occur when related to the sex (p<0.05). The most relevant clinical features were: fever, vomiting and abdominal pain and the greatest percentage of children affected were of the working and marginal classes. These results shown that the strains of DEC are important etiological agents in acute infectious diarrhea in children of Cumaná.

Características clínicas y epidemiológicas de la infección por rotavirus en niños de Cumaná, Venezuela / Clinical and epidemiological characteristics of rotavirus infection in children of Cumaná, Venezuela

Se estudió la tasa de detección de rotavirus humano del grupo A (RVH-A), así como su asociación con la clínica y epidemiología, en niños menores de 5 años con diarrea aguda que acudieron al Hospital Universitario “Antonio Patricio de Alcalá”, Cumaná, Venezuela, entre marzo de 2006 y septiembre de 2007. De 241 muestras fecales colectadas en este estudio, 47 (19,5%) resultaron positivas a RVH-A por ensayo inmunoenzimático y estuvieron presentes durante los 19 meses de estudio, con picos de mayor tasa de detección en los meses de marzo, abril y mayo (30,0%, 28,6% y 43,8%, respectivamente) de 2006 y septiembre (37,5%) de 2007. El 34% de los casos ocurrió en el grupo etario de 7 a 12 meses, y los varones fueron los más afectados (55,3%), así como las clases socioeconómicas obrera y marginal (72,4%). Los niños que recibieron alimentación no materna fueron mayormente infectados por RVH-A (61,7%). Se observó que la mayoría de los niños (72,3%) presentaron de 1 a 4 evacuaciones diarias, casi todas (83,0%) entre semilíquidas y líquidas, pero con pocos vómitos (38,2%) y muy pocos casos con fiebre (10,6%), sin embargo la deshidratación si resultó ser un síntoma significativo (OR=6,307; IC-95%=2,337-21,4; p = 0,0001) en los niños enfermos. Al comparar estos resultados con los de otros trabajos previos en la misma zona, se notó una disminución de la tasa de detección de RVH-A de más del doble, y los síntomas clínicos de la enfermedad rotaviral son los mismos reportados por otros autores. De 32 niños vacunados contra rotavirus, en 30 (93,8%) no se les detectó RVH-A en sus heces, y hubo una asociación significativa (OR=0,02434, IC-95%=0,0377-0,9171; p=0,037) entre los niños vacunados y la protección.

The detection rate of group A human rotavirus (HRV-A), as well as its association with clinical and epidemiological parameters, was studied in children younger than 5 years old with acute diarrhea attending to the University Hospital “Antonio Patricio de Alcalᔠof Cumaná, between march 2006 and september 2007. Of 241 fecal samples collected in this study, 47 (19.5%) were positive to HRV-A by immunoassay. Rotavirus were present throughout the study and the major detection rates were on march, april and may of 2006 (rates were 30,0%, 28,6% y 43,8%, respectively) and september of 2007 (37,5%). Thirty four percent of cases with HRV-A occurred in children of 7 - 12 months and males were the most affected (55.3%), as well as the worker and marginal socioeconomic classes (72,4%). Children that not received maternal feeding were the group mainly infected by HRV-A (61.7%). Most of the children (72.4%) had one to four evacuations/day, with few vomits (38.2%) and fever (10.6%). Almost all the feces (83.0%) had a liquid or semi-liquid aspect. When these results were compared with previous data of the same geographic area, we observed a two-fold decrease of the detection rate of HRV-A and the clinical symptoms were the same as reported by other authors. Of 32 children vaccinated against rotavirus, 30 (93.8%) did not have HVR-A in their feces and there was a significant association between the vaccinated children and protection.

Detección molecular de Escherichia coli productor de shiga toxina (Stx1) y rotavirus en heces de niños con diarrea / Molecular detection of shiga toxin-producing (stx1) Escherichia coli and rotavirus in stoolos of children with diarrhea

Se investigó la presencia de E. coli productora de shiga toxina y rotavirus en heces de 90 niños diarreicos con edades comprendidas entre 0 y 3 años. De cada muestra se tomaron tres alícuotas: una se sometió a enriquecimiento previo para E. coli O157, con otra se hizo siembra directa en placas con agar MacConkey-Sorbitol y Rojo Eosina con MUG y la ultima se congeló a –70°C para el análisis posterior de rotavirus. La búsqueda de E. coli O157 se realizó por inmunocromatografía in vitro de Coris Bioconcept (Bélgica) y O157:H7 por serología con antisueros FUVESIN. La presencia del antígeno O157 (rbfO157) y de los genes que codifican para las shiga toxinas (stx1 y stx2) se determinó por PCR. Los rotavirus se detectaron por electroforesis en geles de poliacrilamida. Las 90 muestras de heces analizadas resultaron negativas para el antígeno O157 y para O157:H7. La PCR corroboró que 9 cepas sospechosas aisladas de los medios de cultivos, eran cepas STEC no O157 y portadoras del gen stx1, mostrando un 10% de positividad. La electroforesis para el ARN viral detectó rotavirus en 21 (23,33%) muestras. Se confirma el predominio de rotavirus y se sugiere que la circulación de cepas STEC no 0157, es un indicio de la participación de estas cepas en la etiología de las diarreas agudas.

Características clínicas de la gastroenteritis por rotavirus y su asociación con distintos electroferotipos / Clinical features of rotavirus gastroenteritis and their association with different electropherotypes

Desde junio de 1993 a junio de 1995 se obtuvieron 377 muestras fecales de niños con diarrea aguda admitidos en el Hospital Antonio Patricio de Alcalá de Cumaná, Venezuela. Se detectaron patrones electroforéticos de rotavirus en 27,85 por ciento (105/377) de las muestras, observándose que los patrones largos (80 por ciento) prevalecieron sobre los otros (18,09 por ciento) y 2 especímenes (1,91 por ciento) exhibieron mezclas de electroferotipos. Por colectroforesis se identificaron 6 patrones electroforéticos diferentes, 4 de patrón largo y 2 patrón corto. Se encontró asociación entre los electroferotipos detectados y las características clínicas de la enfermedad, notándose una duración de la diarrea de 3 a 6 días (73,8 por ciento), la evacuación mínima diaria fue 1 a 2 veces (85,4 por ciento) y la evacuación máxima diaria fue 5 a 8 veces (58,1 por ceinto). La mayoría de los niños mostraron una deshidratación moderada (79,0 por ciento), no tuvieron fiebre (78,1 por ciento) y la duración de los vómitos fue de 1 a 4 días (74,2 por ciento). Estos resultados sugieren que todos los electroferotipos se comportaron de manera similar y por lo tanto no proporcionaron información para establecer la severidad de la infección, por lo que parece improbable que los electroferotipos puedan ser usados para identificar cepas más virulentas de rotavirus.

Prevalencia de subgrupos,serotipos y electroferotipos de rotavirus humanos en Cumaná, Venezuela / Prevalence of subgroups and electropherotypes of humans rotavirus in Cumaná, Venezuela

De Junio de 1992 a Mayo de 1993, se detectaron por ensayo inmunoenzimático (ELISA) 159 casos positivos a rotavirus de 321 niños (49,5 por ciento) hospitalizados por diarrea aguda. De las 159 muestras positivas por ELISA se escogieron 80 al azar para el análisis de subgrupos y serotipos de rotavirus humanos del grupo A . Por ELISA se detectaron 9 (11,3 por ciento) muetras pertenecientes al subgrupo I, 46 (57,5 por ciento) al subgrupo II y 25 (31,3 por ciento) que no pudieron ser agrupadas. El serotipo G1 se encontró en 52 casos (65,0 por ciento) G2 en 11 casos (13,8 por ciento), G3 en 1 caso (1,2 por ciento) y 7 casos (8,8 por ciento) mostraron más de un serotipo. Por electroforesis se detectaron bandas de ARN rotaviral en 137 muestras (147,2 por ciento ). El patrón largo (59,1 por ciento) prevaleció sobre el corto (35,8 por ciento), y por coelectroforesis se encontraron ocho electroferotipos distintos en todo el período de estudio. Estos resultados ilustran la gran variedad de cepas de rotavirus humanos en esta región del país